主角工藤新一原本是一名著名的高中生侦探。在目睹了黑衣人组织的地下交易后，他被黑衣人金惊呆了，并得到了一种代号为“aptx 4869”(ァポトキシン4869)的未知药物。后来虽然死里逃生，身体却沦落到小学的样子。此后，他被重新命名为江户川·柯南。在朋友阿笠博士的建议下，他留在青梅竹马的毛利兰之父毛利小五郎的家中，继续秘密从事追踪黑暗组织的工作，并私下探索获取解药的渠道，希望恢复原来的新组织。">主角工藤新一原本是一名著名的高中生侦探。在目睹了黑人组织的地下交易后，他在准备追查的时候被黑人Gin惊呆了，被冠以“APTX 4869”的代号，后来虽然死里逃生，身体却沦落到小学的样子。之后改名为江户川·柯南，在朋友阿笠博士的建议下，他留在青梅竹马的毛利兰之父毛利小五郎的家中，继续秘密从事追踪黑暗组织的工作，并私下探索获取解药的渠道，希望恢复原来的新貌。同时，柯南用他的推理天赋和阿笠博士为他发明的道具帮助毛利小五郎成为一名著名的侦探。有很多爱情，友情，犯罪，背叛，复仇等等情节。